No início do século XIX, a Ilha das Flores pertencia a Delfina Felicidade do Nascimento Flores, sendo denominada Ilha de Santo Antônio. É provável que seu nome atual tenha referência a essa proprietária, pois o local devia ser conhecido como a “ilha da D. Flores”, passando depois à “Ilha das Flores”.

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Após ter sido incorporada ao patrimônio da província do Rio de Janeiro, a ilha foi arrematada por Maria do Leo Antunes, em 17 de agosto de 1834.

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Em 1857, foi vendida para o senador José Ignácio Silveira da Motta ao valor de 4 contos e 700 mil réis. Ali eram desenvolvidos experimentos de piscicultura, algo avaliado de maneira positiva pela Comissão do Imperial Instituto Fluminense de Agricultura, vinculada ao Ministério da Agricultura, devido à necessidade de alimentos na Corte e na cidade de Niterói.

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Após visita da Comissão do Imperial Instituto Fluminense de Agricultura, órgão vinculado a Inspetoria Geral de Terras e Colonização, iniciaram-se as negociações entre o senador Silveira da Motta e o governo imperial para a venda da Ilha das Flores. A Inspetoria de Terras e Colonização era subordinada ao Ministério da Agricultura, Comércio e Obras Públicas e responsável pela fiscalização e serviços relacionados à imigração e colonização. As negociações começaram em 1878 e foram concluídas em 1883, quando então é criada a Hospedaria de Imigrantes da Ilha das Flores.

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A localização geográfica da Ilha das Flores era considerada duplamente favorável, pois seu isolamento tornaria dispensável a passagem dos imigrantes pela cidade do Rio de Janeiro, considerada, à época, um foco de epidemias. Ao mesmo tempo, sua localização na Baía de Guanabara era próxima tanto da Corte quanto de Niterói, o que facilitaria o deslocamento dos imigrantes para seus destinos finais.

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Para atrair a vinda de imigrantes para o Brasil, eram-lhes oferecidos transporte do país de origem e também interno, acesso às terras em núcleos coloniais, além de abrigo temporário na Hospedaria. Visava-se atrair mão de obra para a lavoura, especialmente, no processo de abolição da escravidão africana.

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Além de hospedaria de imigrantes, a Ilha das Flores também funcionou como espaço prisional e espaço de recepção e acolhimento de migrantes internos que se deslocavam, sobretudo do Nordeste, por conta dos períodos de seca.

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Atualmente a Ilha das Flores abriga a Tropa de Reforço dos Fuzileiros Navais, com seus respectivos Batalhões, além do Museu da Imigração da Ilha das Flores em um dos prédios históricos da hospedaria.